Den äldsta delen av Löts kyrka är sakristian, som antagligen hörde till en äldre kyrka av trä. I sakristian förvarades kyrkans dyrbarheter, så därför var det ofta den delen som först byggdes av sten. Undr andra halvan av 1200-talet började man bygga hela kyrkan i sten, och i slutet av 1400-talet slogs valven.
Fånöö gods hade stort inflytande över Löts kyrka. Klockstapelns lilla klocka är skänkt av Axel Oxenstierna , som var född på Fånöö, och i slutet av 1600-talet revs kyrkans vapenhus för att ge plats åt ett gravkor för godsets ägare.
Invändigt präglas Löts kyrka av olika tidsperioder. Valvmålningarna är från slutet av 1400-talet i Albert Målares stil, men framtagna och påbättrade 1908. 1600-talet syns i den mycket välbevarade predikstolen i barock. Klassicismen från decennierna omkring 1800 gör sig gällande i altaruppsats och läktare med orgel. Exteriört är medeltidskyrkan till stor del präglad av nystilsarkitekturen som var vanlig kring 1900. I det här fallet en romansk och gotisk nystil.
Framme i koret står två fina runstenar, U721 och U722, som är ristade av Balle. De är av sandsten och gjorda i relief, som är en ovanlig teknik för runstenar.
